Im dritten Reisejahr kam die Glasarche zu sechs traditionellen und noch produzierenden Glashütten in der bayerischen Grenzregion, um sowohl die schwierige wirtschaftliche Situation als auch die Verankerung der Glashütten in der Region in den Vordergrund zu stellen. Die Glasarche kam damit endgültig bei den Menschen an. Sie wird mit großer Begeisterung in den Glashütten von den Glashüttenarbeitern und der ganzen Bevölkerung aufgenommen und stellt die Glashütten für kurze Zeit wieder in den Mittelpunkt der Orte.
Im Jahr 2006 kam noch eine weitere Station anlässlich der Landesausstellung Bayern-Böhmen hinzu.

Die Reise zu den Glashütten erhielt nachträglich eine noch tiefere Bedeutung. Damalige Veranstaltungen in den Glashütten wurden zu historischen Ereignissen, die nicht mehr wiederholbar waren: Knapp zwei Jahre nach der Reise erschütterte die letzten Mundglashütten eine weitreichende Entlassungswelle, traditionellen Glashütten wurden geschlossen, Glashäfen gelöscht.

11. Station: Nachtmann Bleikristallwerke Riedlhütte (11. – 29. März 2005)

Aus dem verschneiten Wald des Nationalparks Šumava reist die gläserne Arche im März 2005 zu den wichtigsten Arbeitsstätten der Menschen auf der bayerischen Seite, zu den Glashütten. Auch der Ort Riedlhütte lebte seit Jahrhunderten vom Glas. Die Glashütte und der gesamte Ort Riedlhütte, insbesondere die Kinder der Volksschule Riedlhütte, heißen die Arche in ihrer Mitte willkommen.
Vier Jahre später, an Weihnachten 2009,  wurde das letzte Glas in Riedlhütte geschmolzen.

12. Station: Kristallglasfabrik Spiegelau (29. März – 15. April 2005)

Wieder einmal bahnt sich in der Spiegelauer Kristallglasfabrik ein Besitzerwechsel an und im Ort machen sich in den Wochen nach der Firmenübernhame Unsicherheit und Anspannung breit. Die gläserne Arche vor der Kristallglasfabrik domonstriert auch die Geschlossenheit der Spiegelauer und die tiefe Verbindung der Menschen mit „ihren“ Glashütten. Der neue Besitzer betont, welche Bedeutung der Spiegelauer Hütte in dem Gesamtunternehmen zugesprochen wird.  
Nur zwei Jahre später wird die Glashütte geschlossen.

13. Station: Glashütte Valentin Eisch (15. April – 9. Mai 2005)

Was ist mir wichtig? Was würde ich mit in die Arche nehmen? Welche Bedeutung haben für mich das Glas und die Glashütten? Diese Fragen stellt die Arche besonders Kindern und Jugendlichen Die Glastradition ist ein wichtiger Teil ihres Aufwachsens in den Glashüttenorten. In der Glashütte Valentin Eisch bringt die Glasarche deshalb vor allem die Kinder des Ortes in die Glashütte.
Knapp zwei Jahre danach folgte in der Glashütte Eisch eine einschneidende Entlassungswelle.

14. Station: Glasmanufaktur Freiherr von Poschinger (9. – 30. Mai 2005)

Zum 400-jährigen Jubiläum der Poschingerhütte ankert die Glasarche zwischen der Glasmacherschänke, der Glasmacherkapelle und der Glashütte. Sie erinnert daran, wie sehr die Glastradition auch das soziale und kulturelle Leben in den Glasmacherorten geprägt hat. Wie kein anderer Berufszweig pflegten die Glashüttenleute ihre ganz eigene Arbeiterkultur, ihre Lebensart und Mentalität.

15. Station: Zwiesel Kristallglas AG (30. Mai – 20. Juni 2005)

Die Zwiesel Kristallglas AG ist der größte Glashersteller der Region. Mit modernster Technik wird hier Glas produziert, die handwerklichen Glasmachertraditionen gehören der Vergangenheit an. Für die gläserne Arche eine wichtige Station, die für die massiven Umbrüche in der Moderne steht.

16. Station: Kristallglasmanufaktur Theresienthal (20. Juni – 8. Juli 2005)

Nachdem eigentlich schon alles zu Ende schien, wird in der traditionsreichen Glasmanufaktur wieder Glas geschmolzen. Voller Optimismus blickt der stark verkleinerte Betrieb nach drei Jahren des Stillstands in die Zukunft. So ist gerade Theresienthal mit der Kraft und Hoffnung, die seine Belegschaft bewiesen hat, ein guter Abschluss der Glashüttenreise.

17. Station: Ruckowitzschachten, Nationalpark Bayerischer Wald (10. Juli - 1. September 2005)

Fast zwei Monate lang lag die Glasarche auf dem Ruckowitzschachten, einer ehemaligen Waldweidefläche auf rund 1100 m, die einen weiten Blick über das grenzüberschreitende Waldgebirge ermöglichte.

18. Station: Urwaldgebiet Watzlik-Hain, Nationalpark Bayerischer Wald (1. September - 29. Oktober 2005)

Der Watzlik-Hain, ein märchenhaftes Urwaldgebiet, liegt an einem der wichtigsten Wanderwege am Fuße des großen Falkensteins im Nationalpark Bayerischer Wald. Viele Besucher, auch aus Tschechien, besuchten die Glasarche an diesem Standort.

19. Station: Glasmuseum Frauenau (29. Oktober 2005 – 16. Mai 2007)

Im Oktober 2005 ist die Glasarche am letzten Hafen ihrer dreijährigen Reise vor dem Glasmuseum in Frauenau angekommen. Das Glasmuseum ist ein Ort der Begegnung und inhaltlich auf den kreativen Menschen regional und überregional ausgerichtet, ebenso wie auf  die Glaskultur. Hier findet zuletzt noch eine große Abschlussveranstaltung mit allen Beteiligten statt sowie eine Kunstausstellung mit 50 deutschen und tschechischen Künstlern zum Thema „Arche“.

20. Station: Grenzbahnhof Bayerisch Eisenstein (17. Mai – 10. November 2007)

Eigens zur Landesausstellung Bayern-Böhmen wird die Glasarche vom Glasmuseum Frauenau nach Bayerisch Eisenstein gebracht. Dort steht sie über den Sommer vor dem historischen Grenzbahnhof.

Inzwischen ist die Diskussion um die Zukunft der Arche bereits im vollen Gange. Ungeachtet dem von der Glasarche angestoßenen Prozess und dem Wunsch vieler Wegbegleiter, möchten der Verein WaldZeit und die Nationalparkverwaltung Bayerischer Wald die Arche zum Ende der Landesausstellung im Oktober 2007 wieder zum Ausgangspunkt Lusen zurückstellen. Doch wie scheinbar vergessen liegt die Glasarche noch im November 2007, bereits eingeschneit, in Bayerisch Eisenstein.
So wird sie von „Piraten“ gekapert und die zweite Reise der Glasarche nimmt ihren Lauf.